Microbiote intestinal : à quoi servent les probiotiques ?

Quand il s’agit de santé digestive, il n’est pas toujours facile de déceler le vrai du faux. Microbiote, prébiotiques, probiotiques, tout le monde en parle, mais de quoi s’agit-il vraiment ? Pour répondre à ces interrogations, nous vous proposons ce dossier dans lequel nous vous éclairerons sur le sujet suivant : comment prendre soin de son microbiote grâce aux biotiques et pourquoi ?

Microbiote et probiotiques : ce qu’il faut retenir

Qu’est-ce que le microbiote ?

Microbiote : définition officielle

« Microbiote (n.m) : ensemble des microbes présents dans ou sur un organisme vivant, en particulier l’être humain. »[1]. Derrière le mot « microbes » se cachent de multiples micro-organismes : des bactéries et des levures, mais également des virus. On dit de ces micro-organismes qu’ils sont symbiotiques. C’est-à-dire que nous entretenons avec eux une association étroite et durable à bénéfices mutuels.

Si nous avons l’habitude d’entendre parler régulièrement « du » microbiote sachez que l’Homme est en réalité doté de plusieurs microbiotes. En effet, nos quelques 100 000 milliards[2] de colocataires sont répartis sur différentes surfaces de notre corps : notre tube digestif, notre appareil respiratoire, notre peau, notre bouche ou encore le vagin.

Microbiote intestinal, quelle définition ?

Le plus connu d’entre eux, le microbiote intestinal était initialement connu sous le nom de « flore intestinale ». Le microbiote intestinal est un terme connu depuis des dizaines d’années mais les découvertes scientifiques réalisées ces dernières années ont permis de démocratiser le sujet et de susciter l’intérêt du plus grand nombre. L'Académie de médecine définit le microbiote intestinal de la façon suivante : « ensemble des populations microbiennes qui, dès la naissance, colonisent le tractus intestinal et jouent un rôle physiologique majeur ; de sorte que le microbiote intestinal peut être considéré comme un organe à part entière qu’il est essentiel de préserver. ». Pas de doute donc, notre microbiote intestinal joue un rôle clé pour notre santé ! Regardons dans le détail à quoi sert notre microbiote intestinal et pourquoi il est si important d’en prendre soin.

A quoi sert notre microbiote intestinal ?

Tout d’abord, il nous accompagne dans notre digestion[3]. En effet, les bactéries et levures de notre microbiote sont capables de digérer certains éléments que nos enzymes digestives ne savent pas dégrader. C’est notamment le cas des fibres, que nos bactéries transforment en petites molécules bénéfiques pour notre santé. Ces micro-organismes nous aident également à fabriquer et absorber des composés comme certaines vitamines.

Et ce n’est pas tout, notre flore intestinale a d’autres cordes à son arc ! Elle participe notamment à notre protection contre les pathogènes. En tapissant notre muqueuse intestinale, les bactéries et levures de notre microbiote jouent un rôle de barrière protectrice contre les attaques extérieures[3].

Enfin, notre microbiote agit en synergie avec notre muqueuse intestinale et notre système immunitaire intestinal pour activer nos défenses immunitaires[2,3]. Son rôle est primordial dès l’enfance puisqu’il participe au développement et à l’éducation de notre système immunitaire. En effet, nos propres bactéries apprennent aux cellules de notre paroi intestinale à reconnaitre les bactéries « amies » des bactéries « ennemies ». De plus, tout au long de notre vie, ces bactéries bénéfiques entrent en compétition avec les bactéries pathogènes arrivant dans notre tube digestif. En ne leur laissant pas accès aux nutriments dont elles ont besoin pour se développer, les bactéries de notre microbiote participent à la lutte contre la colonisation de notre tube digestif par ces bactéries dangereuses. 
Si la recherche progresse chaque année dans l’exploration de notre microbiote intestinal, il est probable que ce dernier nous réserve d’autres surprises et que nous ayons encore de nombreuses choses à apprendre à son sujet. Les découvertes récentes réalisées au sujet du mycobiote en sont la preuve…

En savoir plus dans le dossier complet Microbiote et immunité

Le mycobiote au cœur de l’actualité

Qu’est-ce que le mycobiote ?

Nous l’avons mentionné, le microbiote rassemble de nombreux types de micro-organismes. Et pourtant, nous entendons surtout parler des bactéries du microbiote. Pourquoi cela ? Parce qu’elles sont présentes en plus grandes quantités que les autres micro-organismes[4]. Elles sont plus étudiées et nous connaissons donc davantage de choses à leur sujet. Plusieurs études récentes s’intéressent aux « mycobiotes » humains, les levures et moisissures microscopiques qui entrent dans la composition de nos microbiotes.

Le mycobiote intestinal

Même s’il ne représente que 0,01% à 0,1% de votre microbiote intestinal[5], votre mycobiote ne doit pas être négligé.

Ces levures et moisissures n’ont beau être présents que dans des faibles proportions, elles auraient un rôle essentiel pour votre santé. A l’image du microbiote, sa composition varie d’un individu à l’autre. Chacun d’entre nous possède donc un mycobiote intestinal unique. Cette composition se définit dès les premières années de vie, et peut être affectée par le mode d’accouchement, la naissance prématurée, le mode d’alimentation du nourrisson, le régime alimentaire de la mère ou encore des facteurs génétiques et environnementaux[6]. Différents types de levures et moisissures  peuvent alors coloniser nos intestins[7]. La plus large étude menée sur le sujet montre que les levures sont les plus abondantes parmi ces champignons, et notamment les espèces Saccharomyces, Malassezia et Candida[8].

Dernières avancées sur le mycobiote intestinal

Des études récentes montrent que notre mycobiote intestinal joue un rôle clé dans de nombreuses fonctions : nutrition, métabolisme, immunité[5]… Autant de fonctions essentielles au bon fonctionnement de notre organisme.

Les recherches portant sur l’impact du mycobiote intestinal sur l’immunité ont effectivement fait des découvertes prometteuses. Alors que, jusqu’à présent, le mycobiote était considéré comme une composante gênante du microbiote, il apparaît désormais comme essentiel. Notamment, certaines levures comme Candida albicans en petite quantité et Saccharomyces cerevisiae participeraient à la modulation de nos réponses immunitaires[9]. Elles seraient en effet reconnues par nos cellules immunitaires et pourraient ainsi :

• Stimuler le développement du système immunitaire intestinal
• Déclencher des réactions inflammatoires[5]

Il semblerait également que notre mycobiote intestinal puisse moduler de nombreuses fonctions de l’organisme au niveau de l’intestin, des poumons, du foie, des reins et même du cerveau ! Plusieurs liens ont été mis en évidence entre la santé digestive et la composition du mycobiote. Les personnes atteintes de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, par exemple, possèdent une plus faible diversité fongique et une surreprésentation du genre Candida[10]. D’après une étude, les levures du genre Candida pourraient, de plus, être l’un des facteurs sous-jacents à l’origine de la maladie cœliaque[11]. Le maintien du bon équilibre de notre mycobiote est donc essentiel au bon fonctionnement de notre organisme. Ainsi, l’idée de moduler la composition du mycobiote intestinal dans le but de prévenir ou guérir certaines maladies est lancée. Cela ouvre la porte au développement de nouveaux outils de diagnostic...

Microbiote intestinal et équilibre

Équilibre : entre eubiose et dysbiose

Vous l’aurez compris, avoir un microbiote en bonne santé est l’une des clés pour la santé au global. Mais qu’est-ce qu’un microbiote en bonne santé ?
La santé d’un microbiote s’évalue par son équilibre. Il doit être stable, diversifié et présenter une quantité importante de micro-organismes qui lui sont bénéfiques. Il dépend également de l’équilibre entre le microbiote bactérien, composé de bactéries, et le mycobiote, composé de levures. Le microbiote bactérien et le mycobiote exercent mutuellement une pression sur l’autre communauté, permettant de maintenir un équilibre. L’altération de l’une ou l’autre des communautés (suite à la prise d’antibiotique ou d’antifongique, par exemple) retentira nécessairement sur l’autre communauté. D’où l’importance d’un équilibre entre le microbiote bactérien et le mycobiote.

En effet, le microbiote intestinal est également composé de pathobiontes, c’est-à-dire de membres opportunistes normalement présents en faible quantité qui ne posent pas de problème. Mais si les conditions sont favorables, par exemple en cas de déséquilibre du microbiote intestinal, ces pathobiontes peuvent se développer, devenir dominants et potentiellement pathogènes.

C’est le cas de bactéries comme le staphylocoque doré, d’Escherichia coli, ou de levures comme Candida albicans par exemple.

Cet état d’équilibre appelé « eubiose » peut être perturbé de façon temporaire.

Dans la majorité des cas, grâce à sa capacité de résilience, le microbiote est capable de retrouver son état d’équilibre en quelques semaines.

Toutefois, si cet état de déséquilibre persiste, et que les micro-organismes pathogènes prennent le pas sur les micro-organismes bénéfiques, on parle alors d’état de dysbiose. Cet état peut être provoqué par différents facteurs génétiques ou environnementaux. Une alimentation déséquilibrée, trop riche en sucres ou en graisses, la consommation d’alcool et de tabac, les infections ou encore la prise de certains médicaments sont autant de facteurs pouvant mener à la dysbiose du microbiote intestinal.

Les antibiotiques font partie des médicaments pouvant provoquer une dysbiose[12]. En effet, ils sont connus pour affecter le microbiote intestinal et provoquer des troubles digestifs comme des diarrhées et des ballonnements. Si ces effets secondaires sont généralement temporaires, il arrive que les populations bénéfiques de bactéries initialement installées au niveau du tractus digestif soient trop impactées par le traitement antibiotique pour réussir à recoloniser l’intestin. Cela laisse alors l’opportunité à d’autres bactéries, moins bénéfiques voire parfois nocives pour l’organisme de s’installer et dérégler encore d’avantage le fonctionnement de notre microbiote[13].

Dysbiose : symptômes et conséquences sur la santé

La dysbiose peut se manifester sous différentes formes depuis la simple fatigue, en passant par l’apparition de troubles digestifs jusqu’à l’installation de maladies chroniques.

Nous l’avons vu, le microbiote intestinal est l’un des piliers de notre santé. Il est donc facile de comprendre que lorsque ce pilier se met à vaciller voir qu’il s’écroule, notre santé s’en voit impactée. En état de dysbiose, le microbiote intestinal ne parvient plus à assurer correctement ses fonctions. Fonction digestive d’abord, c’est pourquoi les troubles digestifs (diarrhées, ballonnements, crampes abdominales, etc.) font partie des signes évocateurs d’une dysbiose. Fonction immunitaire ensuite, avec potentiellement une dérégulation des défenses immunitaires qui peut être associée à une baisse des défenses immunitaires ou mener à l’apparition de réponses inflammatoires localisées et/ou généralisées.

Ainsi, l’installation d’une dysbiose représente un facteur de risque pour certaines maladies inflammatoires chroniques ou métaboliques. De plus, des études ont mis évidence l’existence de dysbioses chez des personnes souffrant d’anxiété, de dépression ou de troubles cognitifs[2]… La dysbiose est-elle une cause ou une conséquence de ces pathologies ? Pour l’instant la question reste en suspens.

Une chose de sûre : mieux vaut prendre soin de son microbiote pour limiter les risques de dysbiose !

Les biotiques : de quoi parle-t-on ?

Le terme « biotiques » regroupe l’ensemble des solutions vous permettant de prendre soin de votre microbiote intestinal. Qui sont-ils et que font-ils pour votre santé ? Découvrons cela.

Définitions

Il existe 3 principales catégories de biotiques : les prébiotiques, les probiotiques et les postbiotiques. Voici tout ce qu’il faut savoir pour ne plus les confondre.

• Les prébiotiques

Ils sont définis de la façon suivante par l’Académie de Médecine : « ingrédients alimentaires qui stimulent la croissance et /ou l’activité métabolique d’une espèce ou d’un nombre limité d’espèces microbiennes de l’intestin ». Les prébiotiques sont des nutriments que nos enzymes digestives ne sont pas capables de dégrader et qui servent de nourriture aux habitants de notre microbiote, ayant ainsi un impact bénéfique sur notre santé. Les prébiotiques se trouvent naturellement dans l’alimentation sous forme de fibres solubles. Ils se trouvent également sous forme de compléments alimentaires ; les plus courants sont les fructooligosaccharides (FOS), galactooligosaccharides (GOS) et l’inuline.

• Les probiotiques

Les probiotiques ont été définis par l’OMS comme « des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, sont bons pour la santé de l’hôte »[14]. Les probiotiques sont des micro-organismes vivants et bénéfiques pour la santé. Leur rôle est de venir en support des fonctions des bactéries et levures de votre microbiote : digestion, métabolisme, immunité, défense contre les pathogènes… Ils sont présents dans certains aliments fermentés, mais également dans des compléments alimentaires, des médicaments ou encore certaines formules infantiles. Les plus connus sont des bactéries lactiques (bifidobactéries et lactobacilles) et la levure Saccharomyces boulardii.

• Les postbiotiques

La définition des postbiotiques a longtemps fait débat au sein de la communauté scientifique. En 2021, des experts internationaux sont finalement parvenus à trouver une définition consensuelle selon laquelle les postbiotiques sont « une préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un avantage pour la santé de l'hôte. »[15]. Contrairement aux probiotiques, les postbiotiques apportent des bénéfices pour la santé même sans être vivants !

Pourquoi prendre des biotiques ?

Les biotiques sont faits pour vous aider à prendre soin de votre microbiote et donc de votre santé. Leur prise peut se faire dans le cadre de la vie quotidienne, pour aider à renforcer l’action de votre microbiote, mais elle peut également être considérée dans le traitement de certains symptômes*.

Par exemple, certains probiotiques ont démontré une capacité[14]à:

• Réduire les diarrhées liées à la prise d’antibiotiques
• Réduire les coliques et l’eczéma chez les nourrissons

Les postbiotiques, quant à eux, sont capables de[1] :

• Réduire la durée des diarrhées
• Réduire les symptômes liés au syndrome de l’intestin irritable, etc.

Plus globalement, les biotiques sont un bon moyen d’aider votre microbiote à maintenir ou retrouver son bon équilibre.

Les gestes du quotidien pour le microbiote intestinal

Adopter un mode de vie sain : première étape vers un microbiote en bonne santé

Rappelons tout d’abord qu’il existe de nombreuses façons de prendre soin de son microbiote. Le fait d’adopter un mode de vie sain, au-delà des très nombreux bénéfices santé que cela vous apportera, vous permettra également de favoriser le bon équilibre de votre microbiote. Qu’entendons-nous par mode de vie sain ?

• Une bonne alimentation : riche en fibres, pauvre en graisses saturées et en sucres simples. Retenez qu’une alimentation équilibrée et diversifiée vous apportera un microbiote équilibré et diversifié. Simple non ?
• Une activité physique régulière : des études ont montré que l’activité physique pouvait induire des modifications bénéfiques de la composition du microbiote^[17],[18].
• Une bonne gestion des émotions : il a été démontré qu’il existe un lien fort entre le microbiote intestinal et la gestion du stress et des émotions.

Nourrir son microbiote grâce aux fibres

Les fibres alimentaires sont des glucides complexes naturellement présents dans les végétaux. Elles ont la particularité de n’être ni dégradées ni absorbées lors de la digestion au niveau de l’intestin grêle. Elles arrivent donc intactes au niveau du colon où se trouvent les bactéries de notre microbiote intestinal. Il existe deux types de fibres : les fibres solubles et les fibres insolubles. Seules les fibres solubles sont utilisées par notre microbiote comme source d’énergie principale. Nos bactéries dégradent en effet ces fibres pour se nourrir et en font de petites molécules aux effets bénéfiques pour notre santé. Ces molécules, appelées « acides gras à chaine courte », ont montré des effets positifs sur la régulation de la glycémie et du cholestérol ainsi que sur la santé cardiovasculaire.

Les fibres insolubles quant à elles, participent à l’amélioration du transit intestinal et ralentissent notamment l’absorption des sucres. Vous l’aurez compris, les fibres sont donc des véritables alliés, non seulement pour notre santé digestive, mais également sur notre santé globale. Or aujourd’hui nous le savons, nous n’en consommons pas suffisamment[19]. Voici quelques astuces pour réussir à manger plus de fibres au quotidien :

• Remplacer vos produits céréaliers classiques par des produits céréaliers complets : pain complet, pâte et riz complets…
• Intégrez des légumineuses à votre alimentation : lentilles, pois chiches, haricots…
• Augmentez votre consommation de fruits et légumes.
• Pensez aux prébiotiques!

Choyer son microbiote intestinal avec des ferments

Comme déjà mentionné, les probiotiques aussi sont présents naturellement dans certaines denrées alimentaires. Ces ferments sont utilisés depuis des centaines d’années pour assurer la conservation des aliments grâce au procédé de fermentation. Parmi eux, on trouve :

• Les produits laitiers comme les yaourts ou le fromage ;
• Les légumes lactofermentés ;
• Les dérivés fermentés du soja : miso, tempeh ;
• Les boissons comme le kéfir ou le kombucha, etc.

Ces ferments se joignent aux bactéries de votre microbiote de manière plus ou moins durable pour les aider dans leurs nombreuses fonctions. N’hésitez pas à renforcer votre microbiote grâce à ces aliments !

Encore plus simples et plus pratiques, les solutions de micronutrition telles que BACTIVIT ÉQUILIBRE. Ce complexe innovant renferme 3 souches probiotiques sélectionnées avec soin et agissant en synergie sur le microbiote bactérien : Lactobacillus helveticus, Lactobacillus rhamnosus et Bifidobacterium animalis ssp lactis. BACTIVIT ÉQUILIBRE contient également une souche de levure rigoureusement sélectionnée, caractérisée et documentée scientifiquement pour cibler le mycobiote : Saccharomyces cerevisiae var. boulardii.

Ainsi, préserver l’équilibre de son microbiote intestinal est primordial pour se maintenir en bonne santé. Pour cela plusieurs solutions : installation d’un mode de vie sain, un enrichissement de l’alimentation en fibres et produits fermentés, ou encore la prise de compléments alimentaires contenant des biotiques… Le choix est vaste et ces solutions peuvent se combiner alors n’hésitez plus, faites de votre microbiote une priorité !

BIBLIOGRAPHIE

* Ces bénéfices sont basés sur des études scientifiques et n'ont pas été validés par l'EFSA.

[1] Dictionnaire médical de l’Académie de Médecine. 2021. Microbiote
[2] Institut Pasteur. 2020. Dossier : microbiote, vers une révolution thérapeutique.
[3] INSERM. 2016. Microbiote intestinal.
[4] Qin J, Li R, Raes J et al. A human gut microbial gene catalog established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464:59-65.
[5] Wu, X., Xia, Y., He, F. et al. Intestinal mycobiota in health and diseases: from a disrupted equilibrium to clinical opportunities. Microbiome 9, 60 (2021).
[6] Milani C, Duranti S, Bottacini F, Casey E, Turroni F, Mahony J, Belzer C, Delgado Palacio S, Arboleya Montes S, Mancabelli L, Lugli GA, Rodriguez JM, Bode L, de Vos W, Gueimonde M, Margolles A, van Sinderen D, Ventura M. 2017. The first microbial colonizers of the human gut: composition, activities, and health implications of the infant gut microbiota. Microbiol Mol Biol Rev 81:e00036-17.
[7] Bonnin A. Dalle F. Importance des micromycètes dans le microbiote intestinal : le modèle Candida albicans. Bull. Acad. Natle Méd., 2018, 202, no 7, 1401-1412
[8] Nash AK, Auchtung TA, Wong MC et al. The mycobiome of the human microbiome project healthy cohort. Microbiome. 2017;5:153-65.
[9] Wheeler ML, Limon JJ, Underhill DM. Immunity to Commensal Fungi: Detente and Disease. Annu Rev Pathol. 2017 Jan 24;12:359-385. doi: 10.1146/annurev-pathol-052016-100342. Epub 2016 Dec 21.
[10] Chehoud C, Albenberg LG, Judge C, Hoffmann C, Grunberg S, Bittinger K, Baldassano RN, Lewis JD, Bushman FD, Wu GD. Fungal Signature in the Gut Microbiota of Pediatric Patients With Inflammatory Bowel Disease. Inflamm Bowel Dis. 2015 Aug;21(8):1948-56.
[11] WF Nieuwenhuizen, RHH Pieters, LMJ Knippels, MCJF Jansen, SJ Koppelman, Is Candida albicans a trigger in the onset of coeliac disease?, The Lancet, Volume 361, Issue 9375, 2003, Pages 2152-2154.
[12] De La Cochetière MF, Durand T, Lepage P, Bourreille A, Galmiche JP, Doré J. Resilience of the dominant human fecal microbiota upon short-course antibiotic challenge. J Clin Microbiol. 2005 Nov;43(11):5588-92
[13] Francino MP. Antibiotics and the Human Gut Microbiome: Dysbioses and Accumulation of Resistances. Front Microbiol. 2016 Jan 12;6:1543.
[14] Hill C, Guarner F, Reid G, et al. Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2014;11(8):506-514. doi:10.1038/nrgastro.2014.66
[15] Salminen, S., Collado, M.C., Endo, A. et al. The International Scientific Association of Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of postbiotics. Nat Rev Gastroenterol Hepatol (2021).
[16] Tarrerias, A L et al. “The effect of inactivated Lactobacillus LB fermented culture medium on symptom severity: observational investigation in 297 patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome.” Digestive diseases (Basel, Switzerland) vol. 29,6 (2011): 588-91. doi:10.1159/000332987
[17] O'Donovan CM, Madigan SM, Garcia-Perez I, Rankin A, O' Sullivan O, Cotter PD. Distinct microbiome composition and metabolome exists across subgroups of elite Irish athletes. J Sci Med Sport. 2020 Jan;23(1):63-68
[18] Petersen LM, Bautista EJ, Nguyen H, Hanson BM, Chen L, Lek SH, Sodergren E, Weinstock GM. Community characteristics of the gut microbiomes of competitive cyclists. Microbiome. 2017 Aug 10;5(1):98.
[19] OMS. 2018. Alimentation saine.