Microbiote du bébé et de l’enfant : un monde à découvrir

Le microbiote intestinal joue un rôle majeur dès les premiers instants de la vie. Chez le nourrisson et l'enfant, il influence de nombreux aspects de la santé. Par exemple, il participe au développement du système immunitaire mais aussi des fonctions cognitives. Comment évolue le microbiote de la naissance à l'adolescence ? Quels facteurs influencent sa composition ? Pourquoi et comment en prendre soin ? Faisons le point sur ces questions essentielles.

Comprendre le microbiote du bébé et de l'enfant

Le microbiote intestinal, anciennement appelé flore intestinale, est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, archées) vivant dans l'intestin, majoritairement dans le côlon. Il joue un rôle clé dans la digestion, la protection contre les pathogènes, la régulation du système immunitaire, le métabolisme énergétique et même la santé mentale.

Chez le nouveau-né, la colonisation intestinale commence dès la naissance et se poursuit durant les premières années de vie. Cependant, plusieurs facteurs influencent cette mise en place :

• Le mode d'accouchement : Un bébé né par voie basse est exposé aux bactéries vaginales et intestinales de sa mère, favorisant un microbiote diversifié, tandis qu’une naissance par césarienne entraîne une colonisation différente, souvent plus lente et initialement dominée par des bactéries du microbiote cutané des parents.
• L'allaitement : Le lait maternel contient des oligosaccharides (HMO pour « human milk oligosaccharides »), des petits sucres dérivés du lactose que le bébé ne sait pas digérer et qui vont aller nourrir ses bactéries intestinales et notamment les bifidobactéries, essentielles pour un microbiote sain. Même si elles ne peuvent pas reproduire le lait maternel, certaines formules infantiles enrichies en prébiotiques et en probiotiques tentent de s’en rapprocher.
• L'environnement microbien : Le contact avec les parents, la fratrie, les animaux et la nature diversifie et renforce l’écosystème intestinal. Une hygiène excessive peut, à l’inverse, limiter cette diversité et favoriser certaines maladies inflammatoires et allergiques.

L'évolution du microbiote durant les premières années

Les 1 000 premiers jours de vie (période allant de la conception à l’âge de 2-3 ans) sont cruciaux pour le développement de l’être humain, et de son microbiote. Pendant cette période, la composition microbienne, encore fragile, se structure progressivement.

• In utero : Le fœtus n’a pas encore de microbiote intestinal mais ce qui se passe dans le ventre de sa mère aura une influence sur son développement futur.
• 0-6 mois : Le microbiote est dominé par des bifidobactéries, surtout chez les bébés allaités. Il est très sensible aux influences extérieures (antibiotiques, alimentation, hygiène).
• 6-24 mois : Avec la diversification alimentaire, le microbiote s'enrichit de nouvelles souches bactériennes, renforçant l’immunité et facilitant la digestion des aliments solides.

Pourquoi est-il essentiel de préserver le microbiote des enfants ?

• Immunité: Un microbiote équilibré est directement impliqué dans la régulation du système immunitaire. Il aide l’organisme à reconnaître les agents pathogènes et à éviter les réactions excessives et inappropriées qui pourraient conduire à des allergies ou des maladies inflammatoires. Une bonne diversité microbienne dès l’enfance est ainsi associée à un moindre risque d’allergies ou de maladies auto-immunes à l’âge adulte.
• Digestion et métabolisme énergétique : Un microbiote sain favorise l’absorption optimale des nutriments, la production d’acides gras à chaîne courte bénéfiques pour l’intestin, et contribue à la régulation du poids corporel. Une altération précoce de cet écosystème pourrait favoriser le développement de troubles métaboliques comme l’obésité ou le diabète.
• Fonctions cognitives et santé mentale : Certaines bactéries intestinales influencent la production de neurotransmetteurs (messagers chimiques) impliqués dans l’humeur, le stress et les capacités cognitives. Ce n’est pas pour rien si notre microbiote est considéré comme notre deuxième cerveau !

Comment prendre soin du microbiote intestinal des enfants ?

Pour favoriser un microbiote intestinal équilibré dès le plus jeune âge, voici quelques bonnes habitudes à adopter :

• Privilégier l’allaitement maternel (quand c’est possible) :
  Outre tous les éléments nutritifs pour le nourrisson allaité (glucides, protéines, lipides, vitamines, sels minéraux, oligoéléments), on trouve aussi dans le lait maternel des anticorps pour améliorer ses défenses immunitaires, et des oligosaccharides, qui vont aller nourrir ses bactéries intestinales et notamment ses bifidobactéries. Le lait maternel nourrit donc le bébé et aussi son microbiote ! En cas de volonté de ne pas allaiter ou en cas d’impossibilité d’allaiter, il est possible de donner au bébé un petit « shot d’oligosaccharides » via le colostrum (premier lait) car il est très riche en oligosaccharides.
• Introduire une alimentation variée et riche en fibres :
  La diversification alimentaire (qui débute entre 4 et 6 mois) est une nouvelle période cruciale pendant laquelle le microbiote va se remodeler en fonction des nouveaux aliments que le bébé va découvrir. Il est donc important de lui proposer progressivement une large palette d’aliments riches en fibres : fruits, légumes, céréales semi-complètes puis complètes, légumineuses.
  Il est aussi possible de commencer à introduire certains aliments fermentés comme les yaourts nature, le kéfir de lait ou les légumes lactofermentés. Riches en micro-organismes vivants bénéfiques, ils ont un impact positif sur la diversité microbienne.
  A l’inverse, il faut au maximum éviter les aliments ultra-transformés, souvent riches en sucres, en additifs et en ingrédients de faible qualité nutritionnelle, qui peuvent perturber l’équilibre microbien. Une consommation excessive de ces aliments industriels favorise la dysbiose, un déséquilibre du microbiote intestinal pouvant avoir des répercussions sur la santé globale.
• Limiter les antibiotiques aux cas strictement nécessaires :
  Une prise excessive ou inappropriée d'antibiotiques dans la petite enfance est aussi un facteur important de dysbiose, augmentant le risque de développer certaines maladies (allergies, obésité, maladies inflammatoires…). D’autres médicaments tels que les antiacides peuvent également avoir un impact négatif sur le microbiote. Il est donc important de suivre les recommandations de professionnels de santé et de ne prendre des médicaments que lorsque c'est nécessaire.
• Favoriser le contact avec la nature et les animaux :
  Jouer dehors, être en contact avec la terre, interagir avec des animaux domestiques favorise la diversité microbienne.
  Mon conseil : Dès que possible, intégrer ces habitudes au quotidien pour construire un microbiote résilient et protecteur sur le long terme.

Focus sur les probiotiques : quels bénéfices pour les enfants ?

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries, levures) qui exercent un effet bénéfique sur la santé. On en parle de plus en plus, et à juste titre, car leur intérêt est de plus en plus documenté par la recherche scientifique, certaines souches spécifiques ayant fait l’objet d’études rigoureuses. Chez l’enfant, ils peuvent être utiles dans plusieurs situations :

• Prévention et soulagement des coliques du nourrisson
• Diminution du risque de diarrhée post-antibiotique
• Réduction du risque d’allergies et de dermatite atopique
• Renforcement du système immunitaire et diminution des épisodes infectieux

Mon conseil : les probiotiques peuvent être un véritable atout pour la santé des enfants, mais il est essentiel de choisir des souches ayant fait leurs preuves scientifiquement. En cas de doute ou de besoin spécifique, il est toujours préférable de demander conseil à un pédiatre ou un professionnel de santé pour s’assurer d’un choix adapté à chaque enfant.

Le microbiote intestinal se construit dès la naissance et joue un rôle fondamental dans la santé de l’enfant mais aussi du futur adulte qu’il sera. Son évolution est influencée par de nombreux facteurs comme l’alimentation, l’environnement et certains événements de santé comme les prises d’antibiotiques. Adopter de bonnes habitudes dès le plus jeune âge (allaitement, alimentation diversifiée, limitation des antibiotiques inutiles) et intégrer des probiotiques lorsque cela est utile peut favoriser un microbiote équilibré et contribuer à une meilleure santé tout au long de la vie.